一个渔夫和一只麦哲伦企鹅如何产生跨越物种的深厚友谊？电影《我的企鹅朋友》讲的就是这样一个不可思议的故事。
生活在格陵兰岛的渔夫若昂有个幸福家庭，儿子米格尔正是活泼可爱的年纪，妻子做得一手好菜，家门口悬挂的巨大灯泡存储了他每次出海给孩子带回来的贝壳。米格尔每天行走往来于村子里上学，是最能联结家人和邻居的开心果。开篇，导演就运用诸多柔光，让这段家庭时光显得美好而梦幻。
或许是看多了父亲打渔的英姿，米格尔今年的生日愿望，就是和父亲一起出海。不料，生日当天海上天气骤变，米格尔不幸坠海，父亲若昂也因此陷入消沉。直到多年之后一只企鹅闯入若昂的生活，才让他的人生有了新鲜的色彩。
时逢迁徙期，其他企鹅都结伴而行，唯独有一只企鹅似乎总是有点笨拙，就连筑巢都比其他企鹅歪一些。它形单影只，在游经某片海域时遇上了轮船事故燃油泄露，浑身裹满燃油的企鹅最终体力不支而中途昏迷，最终漂流到了与迁徙目的地相去甚远的格陵兰岛，被渔夫若昂救起。一场意外，一次偏航，让两个孤独的生物建立起了特殊的情谊。
若昂捡回了企鹅之后，第一件事就是给它洗澡，这可不是件容易事，四处乱窜的企鹅把厨房弄得油腻腻，而闹出了这么大动静也没法再瞒过妻子。妻子看若昂难得又打起来精神来照料一只企鹅，于是也同意了收留企鹅几天。
而就这短短的几天里，这只小小的企鹅给若昂的生活带来了许多变化。其一是他不再抗拒与人交流了。村子里突然出现一只企鹅，人们都觉得惊奇，纷纷与他搭讪。若昂也不再沉默以对，而是乐呵呵地回应，骄傲地谈及他是如何救起企鹅。女孩露西亚提议给企鹅取名丁丁，有了名字，就不再是随时会离开的野生动物，而是多了一位家人。
其二是若昂终于可以将对儿子的思念转嫁到企鹅身上。他用废弃的船板搭建成企鹅的新家，儿子的帽子被改造成了企鹅的衣服，孩子的遗物原本是夫妻俩不愿触碰的心理伤疤，这次也是破例第一次拿出来使用，象征着他终于从心理层面接受了现实。
企鹅丁丁的出现是一种跳出日常的“意外之喜”，围绕丁丁的话题总是新颖特别。人们关心丁丁从何而来，好奇它有多聪明，它的一举一动都憨态可掬又透着股机灵劲。若昂给它造房子时，它就在一旁学习敲钉子；若昂将它放生送去海岛，它竟然可以原路返回。动物的定位天赋如此神奇，于无声中表达出它想留下的自主意愿。
当企鹅丁丁被人抓走，又因为受伤而没能及时返航，若昂和一众渔民出海搜寻。最终找到奄奄一息的丁丁时，若昂不顾一切地跳入海中将其救起，却又情难自禁痛哭出声。这次救回丁丁弥补了曾经的遗憾，也让若昂有了新的情感寄托，妻子才有机会告诉若昂她内心从未责怪过丈夫，那是因为天气突变而导致的意外，只有放下过去才能迎接未来。
全片最催泪的部分在于最后揭晓剧本改编自真实故事，以及企鹅与渔夫的原型一起拍摄的合照。这段跨越物种的友情持续了八年，每年6月企鹅回到渔夫所在的格陵兰岛，12月再独自出发去往巴塔哥尼亚，其间要跨越8000公里。一只企鹅长途跋涉远离族群只为去见人类朋友一面，这种剧本都不敢编撰的戏剧化故事，居然在现实中真切发生过，让人惊叹又感动。
尽管改编自真实故事，电影还是进行了一些艺术化处理，比如：用鱼眼畸变镜头充当企鹅视角观看它的历险，还让丁丁叼出儿子没能送出的生日礼物，来强化它对米格尔的情感替代作用，也让观众们对丁丁的结局有了更多想象的空间。
麦哲伦企鹅的寿命通常为二三十年，丁丁的企鹅原型在八年后再也没有回过渔夫身边。影片结尾给出的猜想是它或许找到了终身伴侣，所以才不再返回人类的领地。但电影的剧情也给出了另一种可能，当渔夫和企鹅的故事出名后，曾有人花重金派人捉拿丁丁带回研究。
无论是电影还是原型，《我的企鹅朋友》都像一场美好的梦境，在人与自然和谐相处的畅想中，构建出了一段横渡大洋、跨越物种的神奇友情。一人一鹅之间的情谊真实地发生过，带给我们的感动也真切地治愈过我们的心。